Eine Form von Projekten, bei denen die E-Control immer wieder gern gesehener Partner ist, ist das EU-finanzierte TWINNING-Instrument. Twinning ist ein Finanzierungs-Instrument der Europäischen Union, das Behörden in Nicht-EU-Mitgliedsstaaten dabei unterstützen soll, sich in allen Bereichen des EU-Rechtsrahmens an diesen heranzuarbeiten. Das Augenmerk liegt dabei auf praktischer Unterstützung für genau abgegrenzte Aufgabengebiete. Die E-Control ist seit 2007 aktive Twinnerin. Sämtliche laufende und abgeschlossene Partnerprojekte sind auf der E-Twinning Website mit einer umfangreichen Dokumentation zu finden.
