Eine wesentliche Aufgabe der E-Control stellt die Regulierung des natürlichen Monopols der Netze dar. Ein „natürliches“ Monopol liegt dann vor, wenn man davon ausgehen kann, dass die Monopolstellung des Anbieters auch dann entstehen würde, wenn mehrere Anbieter in einem Markt tätig sind. Dies kann die Ursache darin haben, dass die Kosten für die Bereitstellung eines Produkts bei Angebot durch ein Unternehmen geringer sind als bei mehreren Anbietern und daher die Kunden günstiger durch einen Anbieter, den Monopolisten, versorgt werden können.
Häufig ist der Grund eine Kostenstruktur mit hohen Fixkosten (z. B. Investitionen in Strom- und Gasleitungen) und geringen variablen Kosten. Die Regulierung ist dann notwendig, damit der „natürliche“ Monopolist seine dominante Marktstellung nicht missbrauchen kann. Durch die Regulierung sollen die positiven Seiten des Wettbewerbs, statische und dynamische Effizienz, simuliert werden.
Im Gasbereich existieren für den Transit sowie für Inlandstransport und -verteilung unterschiedliche Regulierungssysteme. Für den Zugang zum Inlandstransport- und Inlandsverteilungsnetz gilt das „One-Stop-Shop-Prinzip“, d. h., der Endkunde hat nur einen Netzzugangsvertrag mit dem lokalen Netzbetreiber.
Der Transport durch die vorgelagerten Netze wird durch Verträge zwischen den jeweiligen Netzbetreibern geregelt sowie durch das Rucksackprinzip. Dies bedeutet, dass die für den Transport der vom Endkunden kontrahierten Erdgasmenge erforderliche Netzkapazität dem Kunden gehört und diesem auch im Fall eines Lieferantenwechsels zur Verfügung steht. Netznutzungsentgelte werden durch die Regulierungskommission festgelegt.
Für den Zugang zu den Transitleitungen nimmt die OMV Gas GmbH eine Koordinierungsfunktion wahr. Seit der Novelle 2006 zum Gaswirtschaftsgesetz müssen die Methoden zur Berechnung der Tarife ex ante von der Regulierungskommission genehmigt werden, sie werden aber nicht wie im Inlandstransport von dieser festgelegt.
„Anreizregulierung“ ist das Zauberwort für maximale Effizienz bei der Nutzung heimischer Strom- und Gasnetze. Österreich hat diese Methode 2006 für die Regulierung der Stromnetze und 2008 für die Regulierung der Gasnetze eingeführt. Die Idee dahinter: Den regulierten Netzbetreibern werden attraktive Anreize zur Kostensenkung und Effizienzsteigerung gegeben. Gleichzeitig profitieren die Netzkunden von den gesenkten Kosten durch sinkende Netztarife. Zudem setzt die E-Control auch die Regeln für den Netzzugang fest.
Ein langfristig stabiler Regulierungsansatz für ein natürliches Monopol muss mehrere – manchmal einander widerstreitende – Ziele verfolgen:
Im Sinne der Akzeptanz durch die Unternehmen und die Konsumenten ist die Transparenz des Regulierungssystems zu gewährleisten. Diese liegt nur dann vor, wenn die Entscheidungsgrundlagen in nachvollziehbarer Weise offengelegt werden. Transparenz ist eng mit der Planungssicherheit verbunden. Dem regulierten Unternehmen müssen ex ante die Rahmenbedingungen der Regulierung bekannt sein.
Die Ausgewogenheit der Behandlung der regulierten Unternehmen bedeutet, dass die Bevorzugung einzelner Unternehmen im Vergleich zu anderen Unternehmen vermieden werden soll.